Die neugotische Kirche Kreuzerhöhung in Merkendorf ist im Jahr 1864 eingeweiht worden. Zunächst als Kapelle, später 1902 wurde sie dann vergrößert. Die ursprünglichen Baukosten beliefen sich auf 6154 Gulden. Einen erklecklichen Teil, nämlich 1076 Gulden, spendete Anna Kunigunde Friedmann aus Weichendorf. Die Baukosten für die neue Kapelle hielten sich also im Rahmen. Dies lag auch daran, dass die Merkendorfer Bevölkerung beim Bau des Gotteshauses kräftig mit anpackte. Der Hauptaltar zeigt eine Kreuzigungsgruppe und stand schon seit 1792 in Merkendorf. Mit dem Bau des Gotteshauses holte man die Kreuzigungsgruppe in die Kirche als Altaraufbau. Der Bamberger Schreiber Dennefeld stellte sie in einen neugotischen mit Fialen und Krabben besetzten Rahmen.
Durch einen Fassadenraum betritt man den Kirchenraum, einen Recktecksaal mit Flachdecke und vier Spitzbogenfenstern. Die Kirche ist dem Heiligen Kreuz gewidmet. Der „Namenstag“ der Kirche, das Patrozinium wird am 14. September, an Kreuzerhöhung gefeiert.
Zum Zeitpunkt des Kapellenbaus 1864 gehörte Merkendorf zur Pfarrei Memmelsdorf. Im Jahr 1910 wurde dann Merkendorf zur Kuratie erhoben. Dies ermöglichte unter anderem Spenden der Familie Wittmann aus Laubend und der Familie Diller aus Merkendorf. Ziemlich genau zehn Jahre später wurde aus der Kuratiekirche die Pfarrkirche Kreuzerhöhung. Mit Wirkung zum 1. Juli 1920 trennte der damalige Bamberger Erzbischof Jakobus von Hauck die Kuratie von der Pfarrei Memmelsdorf ab und gründete die Pfarrei Merkendorf mit den dazu gehörigen Dörfern Merkendorf und Laubend. 1980 wurde der Innenraum der Kirche renoviert. Der neugotische Altar gegen den aktuellen Altar ausgetauscht.
In der Merkendorfer Kirche finden in der Regel jeden Sonntag ein Gottesdienst statt, zudem unter der Woche am Freitag um 9.15 Uhr. Am Donnerstagabend um 18 Uhr wird das Rosenkranzgebet gepflegt, in der Fastenzeit zur gleichen Zeit der Kreuz gebetet.